A colaboração com os países africanos lusófonos foi iniciada ainda na fase da Associação de Formação Bancária em 1983. Todavia, foi a partir de 1991 que a atividade do Instituto de Formação Bancária nos PALOP passou a desenvolver-se com maior abrangência e de modo sustentado. Efetivamente, as mutações político-económicas ocorridas naqueles países determinaram a necessidade de uma banca comercial atuante, consentânea com as exigências da economia de mercado que se pretendia implantar. Assim, os respetivos bancos centrais solicitaram à Associação Portuguesa de Bancos a colaboração do IFB na definição e realização de ações de formação para os profissionais dos seus sistemas financeiros.
A cooperação do IFB com os PALOP (Angola, Moçambique, São Tomé e Príncipe, Guiné-Bissau e Cabo Verde) norteou-se por três vectores essenciais:
- Transferência de know-how;
 - Apoio à criação de estruturas locais de formação permanente;
 - Prestação direta de serviços de formação a instituições bancárias locais.
 
O IFB organizou de 2001 a 2014, em Lisboa, o Curso Integrado de Gestão Bancária, em que participavam, durante 3 meses, profissionais bancários de Angola, Moçambique, São Tomé e Príncipe, Guiné-Bissau, Cabo Verde e Timor Leste. Nas 13 edições deste curso participaram 356 profissionais dos sectores bancários dos referidos países.
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Angola
Em Angola, após contactos prévios entre o IFB e o Banco Nacional de Angola, em 1991, o Instituto foi selecionado, juntamente com outras organizações internacionais, para apresentar um projeto de estudo visando a criação e arranque do Instituto de Formação Bancária de Angola (IFBA). A proposta do IFB acabaria por vencer o concurso internacional, tendo assegurado a assistência técnica ao IFBA durante o seu primeiro ano de atividade (1995-1996).
Já depois de prestar este apoio inicial, foi mantida a ligação entre as duas instituições, através do fornecimento de manuais e outro material pedagógico destinado a ações realizadas pelo IFBA.
O IFB foi ainda selecionado para elaborar um plano de formação com a duração de cinco anos, entre 1993 e 1997, para todos os bancos angolanos e respetivos funcionários, plano esse elaborado após uma detalhada avaliação das necessidades de formação, e sempre em cooperação com as direções dos bancos.
No âmbito do Ministério do Planeamento de Angola e Banco Nacional de Angola (BNA), financiado pelo Banco Mundial, o Instituto de Formação Bancária ganhou um concurso público para desenvolver um projeto que se iniciou em novembro de 2008 e terminou em maio de 2009.
Este projeto teve como objetivo a avaliação da capacitação técnica e de gestão do Instituto de Formação Bancária de Angola (IFBA) e proposta de  um novo modelo organizacional, bem como um novo Programa de Formação.
Em resultado deste projeto, em janeiro de 2014 o IFBA – Instituto de Formação Bancária de Angola e o IFB-Portugal celebraram um contrato de assistência técnica ao IFBA que tem um tempo de execução de dois anos e como principal objetivo a requalificação do IFBA e a sua preparação para, a curto prazo, atuar de forma eficaz no mercado angolano de formação profissional dos empregados bancários e dos candidatos ao exercício da profissão bancária.
O IFB participou, também, de 2009 a 2013, num projeto na área da supervisão bancária, para o Banco Nacional de Angola (BNA), como membro de um consórcio liderado por outra instituição.
Para além dos projetos mencionados, o IFB, desde 2006, tem prestado em continuidade, serviços de formação a diversos bancos locais mediante pedidos de formação com adjudicação direta às respetivas instituições.
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Cabo Verde
Cabo Verde esteve associado ao Curso Regular de Formação Bancária no inicio dos anos 90. Em 1998, de novo por mérito do ensino a distância, teve um pólo do curso de Gestão Bancária do ISGB.
Para além de cursos específicos para gerentes de delegações bancárias, o IFB implementou, neste país, dois projectos do Banco Mundial na área da formação para o sector bancário, entre 1997 e 1999, intitulados, respectivamente, Feasibility Study and Evaluation of Financial System e Capacity Building for the Private Sector Promotion.
Em 2003, o Instituto de Formação Bancária organizou em Cabo Verde um curso de Crédito a PME's e Risco de Crédito, na sequência de contactos do Banco Mundial, através do Project Development Facilility da International Finance Corporation (IFC), em Abidjan.
Desde 2007 o IFB tem desenvolvido com regularidade ciclos de formação para várias instituíções locais.
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Moçambique
Em Moçambique, o Instituto de Formação Bancária desenhou e executou, em 1992, um programa de formação de quadros com a duração de três meses para o Banco Comercial de Moçambique, com 500 participantes, entre supervisores e empregados administrativos.
No ano seguinte, o IFB desenvolveu um vasto programa de formação, novamente para o Banco Comercial de Moçambique, concluído em 1994, ano em que se iniciou um novo estudo para a implementação de um projecto de ensino a distância, com a duração de três anos, destinado aos funcionários bancários de Moçambique.
O Instituto ganhou ainda um concurso internacional, promovido pelo Banco Mundial, visando a aplicação de um programa de formação em Commercial Bank, no contexto do projecto Financial Sector Capacity Building Credit Project. O programa contou com duzentos participantes – gestores de topo e seniores –, num período de 130 dias.
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Guiné-Bissau
A colaboração com a Guiné-Bissau foi iniciada em 1983, ainda na fase da Associação de Formação Bancária, ano em que foi estabelecido um esquema de cooperação com o Banco Central daquele país, tendo em vista o levantamento de necessidades de formação e a subsequente realização de Cursos de Formação de Base.
Foram também desenvolvidos vários programas de treino pelo IFB, de acordo com o prévio levantamento das necessidades de formação, e elaborados cursos para quadros, supervisores, técnicos e pessoal administrativo. Os contactos entre a Guiné-Bissau e o IFB continuaram, tendo em vista o planeamento de novos cursos, para dar sequência aos cursos já realizados.
Em 1995, o Instituto foi convidado a prestar apoio ao lançamento da Associação de Formação Bancária da Guiné-Bissau, tendo preparado o seu programa de formação para 1996.
Em parceria com a Associação Profissional de Bancos da Guiné-Bissau, decorreu em 2009 uma acção de formação subordinada ao tema: Relação com o Cliente – Desenvolvimento de Competências Comerciais e de Gestão de Conflitos.
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São Tomé e Príncipe
Em 1984, foi definido e concretizado pela então Associação de Formação Bancária um programa de formação para o Banco Nacional de S. Tomé e Príncipe.
Mais tarde, já em 1998, criou-se um pólo do Curso Regular do Instituto de Formação Bancária em São Tomé e Príncipe, com base, mais uma vez, nas vantagens da metodologia do ensino a distância.